Program Studi Pendidikan Dokter didirikan pada tahun 1993. Tahap pendidikan terbagi atas Pendidikan Sarjana Kedokteran dan Pendidikan Profesi Dokter. Perkuliahan akan berlangsung on campus, rumah sakit dan praktek di lapangan dengan metode pembelajaran full Problem Based Learning, di mana mahasiswa sejak duduk di semester awal akan belajar secara integrasi dalam blok-blok yang menggunakan pendekatan pre klinis dan klinis. Sedangkan Pendidikan Profesi Dokter akan berlangsung full di rumah sakit pendidikan utama dan berbagai rumah sakit umum daerah sebagai Rumah Sakit jejaring.